miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: deep sequencing predictions



Please select library, species and/or miRNA sequence.


selected mature miRNA sequence: TAAGTGCATGTATGGTGCTA

selected species: Ciona intestinalis



9 records found  

#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
1 Ciona intestinalis GSM343283-14443 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

TGGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
--GTAAAATTAGTGCATAGCGTT 	1
---TAAAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
-----AAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
-------------------------TGTGCTGTATATGCACTTCT 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	41
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTA 	2
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	40
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	104
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	19355
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	2155
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	54
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	14333
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	1
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	6
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTATT 	2


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
2 Ciona intestinalis GSM343283-14443 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

CAGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
--GTAAAATTAGTGCATAGCGTT 	1
---TAAAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
-----AAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
-------------------------TGTGCTGTATATGCACTTCT 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	41
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTA 	2
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	40
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	104
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	19355
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	2155
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	54
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	14333
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	1
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	6
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTATT 	2


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
3 Ciona intestinalis GSM343282-14442 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

TGGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
---TAAAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
---TAAAATTAGTGCATAGCGTT 	1
----AAAATTAGTGCATAGCGTTAA 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	67
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTA 	21
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	38
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGC 	1
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	35373
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	6076
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	82
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	17289
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	24
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTAT 	1


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
4 Ciona intestinalis GSM343282-14442 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

CAGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
---TAAAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
---TAAAATTAGTGCATAGCGTT 	1
----AAAATTAGTGCATAGCGTTAA 	1
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	67
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTA 	21
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	38
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGC 	1
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	35373
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	6076
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	82
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	17289
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	24
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTAT 	1


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
5 Ciona intestinalis GSM343284-14444 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

TGGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	18
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	10
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	21
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	5302
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	89
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	14
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	4424
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTATT 	1


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
6 Ciona intestinalis GSM343284-14444 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

CAGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	18
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	10
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	21
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	5302
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	89
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	14
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	4424
--------------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTATT 	1


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
7 Ciona intestinalis GSM343286 TAAGTGCATGTATGGTGCTA GTGCTGTATATGCACTTCTA down 3 0


Secondary structure

AAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAAC
AAAATTAGTGCATAGCGTTA 	1
-AAATTAGTGCATAGCGTTAA 	4
--AATTAGTGCATAGCGTTAA 	1
--------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	1
--------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	1
--------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	536
--------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	6
----------------------------------------------------------AGTGCATGTATGGTGCTATT 	1


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
8 Ciona intestinalis GSM343285 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

TGGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	5
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	5
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	8
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	6317
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	87
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	292
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	5396
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	2


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
9 Ciona intestinalis GSM343285 TAAGTGCATGTATGGTGCTATT TAATGTGCTGTATATGCACTTCTA down 4 0


Secondary structure

CAGTAAAATTAGTGCATAGCGTTAATGTGCTGTATATGCACTTCTATGTATTTAATTTTATAAGTGCATGTATGGTGCTATTGACTCTGCACAACTAACTT
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	5
-----------------------------------------------------------ATAAGTGCATGTATGGTGCT 	5
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATTG 	8
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTATT 	6317
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTAT 	87
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCTA 	292
------------------------------------------------------------TAAGTGCATGTATGGTGCT 	5396
-------------------------------------------------------------AAGTGCATGTATGGTGCTATT 	2


Overlaps with: MNEST024994 MNEST024995 MNEST024996 MNEST024997
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: cin-mir-4017-2 cin-mir-4017-1
HuntMi prediction: true miRNA