miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: deep sequencing predictions



Please select library, species and/or miRNA sequence.


selected mature miRNA sequence: TATGGCTTTCTATTCCTATGTG

selected species: Danio rerio



6 records found  

#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
1 Danio rerio GSM540644 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG CATAGGGTTCAAAGCCATTGG up 4 1


Secondary structure

CTGCTGTGTTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTCTTCTGCCGTGTCACATAGGGTTCAAAGCCATTGGGTACAGAG
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGATT 	6
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	16
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	30
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGT 	3
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATG 	1


Overlaps with: MNEST034302 MNEST034303
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
2 Danio rerio GSM540644 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG TGTAGGGTTCAAAGCCATTAG up 4 1


Secondary structure

ACTCAAAACACTACTGTGCTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTGATATGATGTATCATGTAGGGTTCAAAGCCATTAGGTACAGAGTGGCTTATCA
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGATT 	6
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	16
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	30
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGT 	3
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATG 	1


Overlaps with: MNEST034304
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
3 Danio rerio GSM540642 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG CATAGGGTTCAAAGCCATTGG up 4 1


Secondary structure

CTGCTGTGTTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTCTTCTGCCGTGTCACATAGGGTTCAAAGCCATTGGGTACAGAG
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGATT 	2
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGAT 	1
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	43
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	126
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGT 	13
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATG 	1
------------ATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	1
----------------------------------------------GTGTCACATAGGGTTCAAAGCCATTG 	1
---------------------------------------------------ACATAGGGTTCAAAGCCATTGG 	1
---------------------------------------------------ACATAGGGTTCAAAGCCATTG 	7
----------------------------------------------------CATAGGGTTCAAAGCCATTGG 	10
----------------------------------------------------CATAGGGTTCAAAGCCATTG 	1


Overlaps with: MNEST034302 MNEST034303
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
4 Danio rerio GSM540642 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG TGTAGGGTTCAAAGCCATTAG up 4 1


Secondary structure

ACTCAAAACACTACTGTGCTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTGATATGATGTATCATGTAGGGTTCAAAGCCATTAGGTACAGAGTGGCTTATCA
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGATT 	2
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGAT 	1
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	43
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	126
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGT 	13
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATG 	1
----------------------ATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	1
-------------------------------------------------------------ATGTAGGGTTCAAAGCCATTA 	1


Overlaps with: MNEST034304
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
5 Danio rerio GSM540643 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG CATAGGGTTCAAAGCCATTGG up 4 1


Secondary structure

CTGCTGTGTTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTCTTCTGCCGTGTCACATAGGGTTCAAAGCCATTGGGTACAGAG
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	47
-----------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	76
---------------------------------------------------ACATAGGGTTCAAAGCCATTGG 	3
---------------------------------------------------ACATAGGGTTCAAAGCCATTG 	2


Overlaps with: MNEST034302 MNEST034303
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
6 Danio rerio GSM540643 TATGGCTTTCTATTCCTATGTG TGTAGGGTTCAAAGCCATTAG up 4 1


Secondary structure

ACTCAAAACACTACTGTGCTTTATGGCTTTCTATTCCTATGTGATTTTGATATGATGTATCATGTAGGGTTCAAAGCCATTAGGTACAGAGTGGCTTATCA
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTGA 	47
---------------------TATGGCTTTCTATTCCTATGTG 	76
-------------------------------------------------------------ATGTAGGGTTCAAAGCCATTAG 	1


Overlaps with: MNEST034304
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-135c-2
HuntMi prediction: true miRNA