miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: deep sequencing predictions



Please select library, species and/or miRNA sequence.


selected mature miRNA sequence: TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT

selected species: Sus scrofa



5 records found  

#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
1 Sus scrofa GSM636844 TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC up 3 0


Secondary structure

GGAAGCTGTGTGCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCGTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGCACACTTGAGCC
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	3
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	5
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	1
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATG 	1
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	49
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATG 	12
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	519
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	23
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	349
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTAT 	2
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGA 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAG 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	35111
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATG 	1553
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTA 	73
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	6503
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	15627
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	122353
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	493
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGG 	25
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	70
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	187
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	11
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	1
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	11
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTT 	89


Overlaps with: MNEST033900
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: ssc-let-7c
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
2 Sus scrofa GSM636847 TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC up 3 0


Secondary structure

GGAAGCTGTGTGCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCGTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGCACACTTGAGCC
------------------GGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	11
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	1
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	50
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATG 	11
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	750
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	34
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	532
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTAT 	6
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGA 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	47451
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATG 	1454
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAG 	3
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTA 	105
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	6835
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	21471
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	162773
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	770
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	243
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGG 	22
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	101
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	2
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	1
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGT 	2
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	14
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTT 	74
-------------------------GTAGTAGGTTGTATGGTTT 	2
-------------------------------------------TAGAGTTACACCGTGGGAGTT 	1
-------------------------------------------TAGAGTTACACCGTGGGAGTTA 	1
-------------------------------------------TAGAGTTACACCGTGGGAG 	1
------------------------------------------------------------------CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC 	1


Overlaps with: MNEST033900
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: ssc-let-7c
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
3 Sus scrofa GSM636849 TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC up 3 0


Secondary structure

GGAAGCTGTGTGCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCGTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGCACACTTGAGCC
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	2
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	2
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	2
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	3
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	77
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	13
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	109
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	1637
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	36766
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	11777
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATG 	807
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTA 	6
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	2876
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	8
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	144
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	58
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGG 	7
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	1
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTT 	16
------------------------------------------------------------AGTTAACTGTACAACCTTCTAGCT 	1


Overlaps with: MNEST033900
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: ssc-let-7c
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
4 Sus scrofa GSM636848 TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC up 3 0


Secondary structure

GGAAGCTGTGTGCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCGTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGCACACTTGAGCC
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	24
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	48
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	8
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATG 	22
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	109
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	1686
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	21
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTAT 	9
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1091
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGA 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	4883
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	36521
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	5255
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATG 	1390
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAG 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTA 	37
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	172826
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1282
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGG 	18
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	39
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	296
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	11
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTT 	159
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	2
-------------------------------------------TAGAGTTACACCGTGGGAGT 	2
------------------------------------------------------------------CTGTACAACCTTCTAGCTTTCCT 	1
------------------------------------------------------------------CTGTACAACCTTCTAGCTTTC 	3
------------------------------------------------------------------CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC 	15


Overlaps with: MNEST033900
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: ssc-let-7c
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
5 Sus scrofa GSM636846 TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT CTGTACAACCTTCTAGCTTTCC up 3 0


Secondary structure

GGAAGCTGTGTGCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCGTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGCACACTTGAGCC
-------------------GTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	2
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	3
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	70
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	9
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATG 	2
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	56
--------------------TTGAGGTAGTAGGTTGTAT 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAG 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	1225
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	28704
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	9717
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATG 	674
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTA 	1
---------------------TGAGGTAGTAGGTTGTATGG 	2457
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 	6
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	140
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGGT 	55
----------------------GAGGTAGTAGGTTGTATGG 	9
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGTT 	1
-----------------------AGGTAGTAGGTTGTATGGT 	1
------------------------GGTAGTAGGTTGTATGGTT 	17


Overlaps with: MNEST033900
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: ssc-let-7c
HuntMi prediction: true miRNA