miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: deep sequencing predictions



Please select library, species and/or miRNA sequence.


selected mature miRNA sequence: TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT

selected species: Danio rerio



10 records found  

#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
1 Danio rerio GSM540644 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA down 3 1


Secondary structure

GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACG
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCATA 	1
--------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	1
--------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
--------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	4
---------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	7
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	2
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	7
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	78
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	28
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	10
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	540
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	75
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	31
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	2


Overlaps with: MNEST034184
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
2 Danio rerio GSM540644 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTGCCCATA down 1 1


Secondary structure

TCAAAACGAAGGTAAGAAAACTCAGCTGTGTCTGGGGCTGCCTACTTGGTGTACATACTTCTTTATGTGCCCATATGAACATATAAAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTCAGGTGCTGATCCTCAGTTTGTAAACTTTCCCCGAATCACTG
---------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCTATGGAATGTAAAG 	1
-----------------------------------------------------------------------------------TAAAAGCTATGGAATGTAAAGA 	2
-------------------------------------------------------------------------------------AAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	1
---------------------------------------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	1
---------------------------------------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
---------------------------------------------------------------------------------------AGCTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	4
----------------------------------------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	7
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	2
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	7
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	78
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	28
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	72
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	540
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	75
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	31
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	2


Overlaps with: MNEST034185
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
3 Danio rerio GSM540645 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA down 3 1


Secondary structure

GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACG
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCATAT 	2
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCAT 	1
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCATA 	12
------------------------ATACTTCTTTATATGCCCATA 	1
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	65
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	7
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	2
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATCC 	1
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	49784
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	3858
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1075
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	367
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	94
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	1
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	187
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	10
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGT 	6
---------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	12


Overlaps with: MNEST034184
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
4 Danio rerio GSM540645 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTGCCCATA down 1 1


Secondary structure

TCAAAACGAAGGTAAGAAAACTCAGCTGTGTCTGGGGCTGCCTACTTGGTGTACATACTTCTTTATGTGCCCATATGAACATATAAAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTCAGGTGCTGATCCTCAGTTTGTAAACTTTCCCCGAATCACTG
------------------------------------------------------ATACTTCTTTATGTGCCCATATG 	1
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	65
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	7
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	2
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	1549
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	49784
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	3858
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1075
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	94
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	5
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	187
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	10
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGT 	6
----------------------------------------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	12


Overlaps with: MNEST034185
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
5 Danio rerio GSM540642 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA down 3 1


Secondary structure

GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACG
-----------------------------------------------------AGCAGCTATGGAATGTAAAGA 	1
---------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1
---------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	1
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
----------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	1
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	11
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	9
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	28
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	4
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	3
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	1
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	616
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	80
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	7
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	3
---------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	4


Overlaps with: MNEST034184
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
6 Danio rerio GSM540642 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTGCCCATA down 1 1


Secondary structure

TCAAAACGAAGGTAAGAAAACTCAGCTGTGTCTGGGGCTGCCTACTTGGTGTACATACTTCTTTATGTGCCCATATGAACATATAAAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTCAGGTGCTGATCCTCAGTTTGTAAACTTTCCCCGAATCACTG
---------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCTATGGAATGTAAAG 	1
-------------------------------------------------------------------------------------AAAGCTATGGAATGTAAAGAAGT 	2
----------------------------------------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1
----------------------------------------------------------------------------------------GCTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------CTATGGAATGTAAAGAAGTAT 	1
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	1
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	11
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	9
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	28
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	4
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	3
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	153
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	616
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	80
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	7
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	3
----------------------------------------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTATT 	9
----------------------------------------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	4


Overlaps with: MNEST034185
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
7 Danio rerio GSM540643 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA down 3 1


Secondary structure

GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACG
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	2678
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	7
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	127
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	10
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	1
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	9
----------------------------------------------------------------AATGTAAAGAAGTATGTAT 	1


Overlaps with: MNEST034184
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
8 Danio rerio GSM540643 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTGCCCATA down 1 1


Secondary structure

TCAAAACGAAGGTAAGAAAACTCAGCTGTGTCTGGGGCTGCCTACTTGGTGTACATACTTCTTTATGTGCCCATATGAACATATAAAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTCAGGTGCTGATCCTCAGTTTGTAAACTTTCCCCGAATCACTG
---------------------------------------------------TACATACTTCTTTATGTGCCCAT 	1
----------------------------------------------------ACATACTTCTTTATGTGCCCATA 	1
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	1
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	293
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	2678
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	127
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	10
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	1
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	9
----------------------------------------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTATT 	1
-----------------------------------------------------------------------------------------------AATGTAAAGAAGTATGTAT 	1


Overlaps with: MNEST034185
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-2
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
9 Danio rerio GSM540646 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATATGCCCATA down 3 1


Secondary structure

GCCCATATATCCCGCTTGGTAGACATACTTCTTTATATGCCCATATGAACAAGAGCAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATCCCAGGTGAGAGAAAAACG
---------------------GACATACTTCTTTATATGCCC 	1
---------------------GACATACTTCTTTATATGCCCAT 	1
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCATAT 	9
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCAT 	32
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCA 	1
----------------------ACATACTTCTTTATATGCCCATA 	163
-----------------------CATACTTCTTTATATGCCCATA 	13
------------------------ATACTTCTTTATATGCCCATA 	1
-------------------------------------------------------CAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATG 	1
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	12
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	928
-----------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	22
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	9
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	8
------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	2
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	470691
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	28204
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	2912
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	4253
-------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	154
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	622
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	34
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
--------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTATC 	2
---------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTATC 	1
---------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1


Overlaps with: MNEST034184
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-1
HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
10 Danio rerio GSM540646 TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTGCCCATA down 1 1


Secondary structure

TCAAAACGAAGGTAAGAAAACTCAGCTGTGTCTGGGGCTGCCTACTTGGTGTACATACTTCTTTATGTGCCCATATGAACATATAAAAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTCAGGTGCTGATCCTCAGTTTGTAAACTTTCCCCGAATCACTG
---------------------------------------------------TACATACTTCTTTATGTGCCCA 	1
----------------------------------------------------ACATACTTCTTTATGTGCCCATAT 	1
----------------------------------------------------ACATACTTCTTTATGTGCCCATA 	25
----------------------------------------------------ACATACTTCTTTATGTGCCCAT 	5
-----------------------------------------------------CATACTTCTTTATGTGCCCATA 	1
-----------------------------------------------------CATACTTCTTTATGTGCCCAT 	1
------------------------------------------------------ATACTTCTTTATGTGCCCATATG 	5
---------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCTATGGAATGTAAAG 	1
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	12
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	928
------------------------------------------------------------------------------------------TATGGAATGTAAAGAAGTATG 	22
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGT 	9
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	8
-------------------------------------------------------------------------------------------ATGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	2
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATTC 	21
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	470691
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTA 	28204
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGT 	4253
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	17320
--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAATGTAAAGAAGTATG 	154
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTATT 	34
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTAT 	622
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGTA 	34
---------------------------------------------------------------------------------------------GGAATGTAAAGAAGTATGT 	3
----------------------------------------------------------------------------------------------GAATGTAAAGAAGTATGTAT 	1


Overlaps with: MNEST034185
Overlaps with miRBase pre-miRNAs: dre-mir-1-2
HuntMi prediction: true miRNA