mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGAGACAGAGGGAGTATT TACTTCCTCTATCAAAATG AAATGAAGGTAGTACTTCCTCTATCAAAATGTAATACATTTTTTTGACACTATCTTACATTTTGAGACAGAGGGAGTATTAACTTGTCT CTAAAAGGTCTTATATTTAAAAATGAAGGTAGTACTTCCTCTATCAAAATGTAATACATTTTTTTGACACTATCTTACATTTTGAGACAGAGGGAGTATTAACTTGTCTCCATATGGAATCAGCTAAGGATTCTGTCAATCTTATTATGTGATAGCCAAGCAATATAATTTTCCACAACCTTTCTTTGCTACCAGTCATGTGACTGCCAAACAGCCCAACTGTGCTGGATAACTAGCTGAATCAAACAGCTTCAGATCGCCATCCCAGCTTTCAGCTAAGGCGATATCATGGTTCTCAACTCCAGGGATGAATCCATCAAAGTCGGATAAGGTTTTCAATTGCGCGCTCAGTGATGCTATTGTTTTCTGGCAGTCTGCTAGTTTCCCGGCAGCACGAACTAGCTCTTTCTCCTTGGTTATATGGAGGTCTGTACTTGCCATAGGTTTTGGTTGATGACCTGAAGCTCTGCTGCACAATTCCTGTTTCAAGTCATGGCATTGCGAGGCGTATTCCGATGATTCTGCTCTCTCTTTGAGAATTTGTTCCTCAAGCAAGTAAATCTTTC 1 2 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000001 100 -27.5 .....(((.(((((((((((((.(((((((((((....................)))))))))))...))))))))))))).))).... (-27.5)