mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCTGTAAACAAATATAG GTGTTTAGTTTACGGAGGGGGT CTCCCTGGTACTCCCTCTGTAAACAAATATAGGAGTGTTTAGTTTACGGAGGGGGTATTAACCA GCTCGAGCGGCCGCTCGTTTACGTGTGATGAGATTGTGGAGTTTTGCAACGAACACGAGGCAGCCCTCGTGGATGCCGCTGCCGCGCTACCGGTATGGGGGGATCCACGGGAGCTTGTGAAATCCCTGTGCAGTCCAGATGAGCAGGCTGCCGTGCAGCCTGTATGTGGCAATCCACGGATTCTTATGAACTCAGTATCCAGTCCAGCTGAAAAGACTCTCCCTGGTACTCCCTCTGTAAACAAATATAGGAGTGTTTAGTTTACGGAGGGGGTATTAACCAGGCACTGCACAACTGTAGTAGGGCCATCTGTATTTAACTAGATAGTTTGCTTTGTTGTGTTCGGTGGATTGCAGTTCGATTGGAGGCAGAAAGTAGGCTCAATAGTTTCTATCTGCTTGTAGGATTGGCAGATGTACCTGAGAGGGTTGGGGACATTGGTACCGTGTAACTAGGGTAAAAAGATTTTGGATTTATTTTTTATCAGGTGCTGTCTAATGTATTGGAGTTGTACTTTTCTATGGAAGTGTTCTAGTGACTGGTTTGCAC 2 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000001 tae-MIR1121 0.000003 -28.4 .....(((((((((((((((((((((((((....)))))).))))))))))))))))))).... (-28.4)