mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATAGTACTCCCTCCGTCCCG GGAAGGGGGAAGGTATTTTAAC GAGATGGAGAGCTGATTGTCGTCGATGCTTATATAGTACTCCCTCCGTCCCGGAAATANCTNGNTCTAAGAAATGTTTTGGTTCTAAGAAAATGGTACAAAAATGGGNNACGTATCTTNCCATTAAACTAAAAAATTAAAAATCTTAGGATTACCATTCNTAATTTTTCTTAAGGAACAAAAGGTATTTTTATTGGAAACCAGGAAGGGGGAAGGTATTTTAACCAAAAAAAGGGGAACCTTGGGCCATTTA GGCGGCGTAGGCCTGTACTTGGTGCAGCTTGCAAAGCTAGCGAACCTTCATGTTACCGCCACCTGCGGCGCCCGCAACATGGATCTTGTGAAGAGCTTGGGCGCGGATGAGGTGATGGACTACAAGACCCCAGAGGGGACGAGCCTGCAGAGCCCCTCCGGCAGGAAGTACGACGGCGTGGTTCACTGCACCGTCGGTGTCAGCTGGTCGTCTTTCCAGCCATTGCTGACTGACGCCGGGAGAGTTATCGACATCACCCCCAATTTCTCGGCCATCCTCACATCTGCGCTGCACTGGGTGACGTTCTCCAAGAAGCGCCTCGTGCCCCTGCTCCTGTCGCCCAACAAGGCGGACCTGGAGTTCTTGGTCGGGCTGCTCAAGGAAGGCAAGCTGAAGACGGTGATCGACTCGAGGTTCCCCTTGAGCGACGCAGGCAAGGCGTGGCAAAGCAGTATCGATGGCCATGCCACTGGTAAGATTGTTGTTGAGATGGAGAGCTGATTGTCGTCGATGCTTATATAGTACTCCCTCCGTCCCGGAAATANCTNGNTCTAAGAAATGTTTTGGTTCTAAGAAAATGGTACAAAAATGGGNNACGTATCTTNCCATTAAACTAAAAAATTAAAAATCTTAGGATTACCATTCNTAATTTTTCTTAAGGAACAAAAGGTATTTTTATTGGAAACCAGGAAGGGGGAAGGTATTTTAACCAAAAAAAGGGGAACCTTGGGCCATTTACCAAGAACCAGAGTGGGGAAG 4 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest 100 100 -45.2 .((((((.((((.(((....)))...)))).((.((((((.(((((.(((.((...........(((((((((((((((.((((((((((((...((..((..(((.......((((..............................))))..)))))..))..)))))))..)))))..))))))))))..)))))..)).))).)))))..)))))).)).((.....((((....)))).)))))))). (-45.2)