mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCTCAAAATAAGT CGCGATGGAATTCACTGCTTGCTATTTTCTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTACAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATGCAAGTCTGAGTAGGGTCTTGAGTT AGCCTGATGCCTATTTTTCTGAGCGCGATGGAATTCACTGCTTGCTATTTTCTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTACAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATGCAAGTCTGAGTAGGGTCTTGAGTTTTT 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-37 far-MIR1122 0.0000001 -65.5 .((...(((.((.(((((((((.......((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((....))))))))))).((.....)).))))))).))))))))))))))))))))))...))))))...))).)).)))...)). (-65.5)