mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTCACCATTGCAGGAGGGT CATCTTGGTGGTGAGGACT TAAAAAATGACCTCATCTTTGACCTTGGACGTGGGACCTTTGATGTGTCTCTTCTCACCATTGCAGGAGGGTATCTNTTGAGGTCAAGGCCACAGCTGGTGACACTCATCTTGGTGGTGAGGACTNTGACAACAGGATGGTCAACCACTTTGTCCAGGAGTTTAAGAGGAAGA AGGGAANNNNNNGGGNNAAGGGGGGGGNGTTGNGGTACTGATNGCCTAACTGACCACTCCTTCATTAACCCTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGAGCTCCACCGCGTTGGCAGCCACTCTATAACTCGGGCATCCAGAATTCTGCACCATTAAAAAATGACCTCATCTTTGACCTTGGACGTGGGACCTTTGATGTGTCTCTTCTCACCATTGCAGGAGGGTATCTNTTGAGGTCAAGGCCACAGCTGGTGACACTCATCTTGGTGGTGAGGACTNTGACAACAGGATGGTCAACCACTTTGTCCAGGAGTTTAAGAGGAAGAACAAGAAGGACATCAGTGGCAACCCAAGAGCTCTTCGGAGGCTGAGGACATCCTGTGAGAGGGCAAAAAGAACTCTCTCCTCCACTGCCCAGACCACCATCGAGATTGACTCGCTGTTTGAGGGCATAGACTTCTACTCCACCATCACCCGTGCCCGGTTTGAGGAGATGAACATGGATCTCTTCANGAAGTGTATGGAGCCTGTGGAGAAGTGTCTGAGGGATGCAAAGATGGACAAGAGCACCGTGCATGATGTTGTCCTTGTTGGAGGTTCCACTAGGATTCCTAGAGTGCAGCAGCTTCTGCAGGACTTCTTCAACGGCAAGGAGCTATGCAAGAGCATCAACCCTGATGAGGCTGNTGCCTACGGAGCTGCTGTCCAGGCTGCCATCTTGAGCGGAGAAGGGCAACGAGAAGGTCCAAGAACCCTGCTGCTGTTGAATGTCAACTCCTCTTTCCCTTNGGNCTTGGAGAACAGCCCGGGGGTGTTATGAACGNGTCTTTGATTCCCAAGGAAACACCCACCTTCCCCAACCAAAAAAAGGAGCAGGTCTTTTTTTCAACCTAACTGGGACAACCCAAGCCCGGNGTGCTTCAATCCCAGGTGTTACCCAAGGTTGAAAAGGAACCAAGGAACCCCGTGGACAACAAAACTTTCTTAAGCCAAGTTTCAAACCTTTTCCGGGATATCCCTTTCTTGACACCCGAGGGGAAAGTTCCCCCCAGAAAAAACGGGCTGGGTTTTTGACAATTGGACCGCCAAATGGCATTCCCTTAAAACGGTTTTGGTTTTGGGACAAAAAAACACCCGGGCCCAAAGAAACCAGAATCCCCTTTTCCCCATTTACCAAGGGCCCGGCTTTTCCAAAGGAAAAAAAATTTGAAAAAAAGGGCCCCGGG 4 2 5' arm Hordeum_vulgare mirnest 100 100 -55.5 ............((.((((.((((((((((((((((((.(((...((((..((((((((((..(((((..........((((((((.(((....)))..)))).)))))))))))))))))))....)))).)))...))))..))))...))))))).))).)))).))... (-55.5)