mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGTCCGAGA TCATTTTTATGGCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGTCCGAGACCTAACACCGGGCGGAATGGCGGATTCAGCTGCAGCTAAGCAAGCTAGGTGGGGGGTTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTCAACTGTTTAGT CTCTCTATATATATCTCTCTGTCTCCCTCTCATTCATTCATTTTTATGGCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGTCCGAGACCTAACACCGGGCGGAATGGCGGATTCAGCTGCAGCTAAGCAAGCTAGGTGGGGGGTTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTCAACTGTTTAGTTCTTCGGCTTCGGCACAAATCGGCGGGCGACACTGCCAGCGTGAAGCTTCTGCAGGTAGGACGATGTTTGGCCGTGCAGCCAGCCGTCCGTGCTCCATCCACCATCACCATGCATCGATATATATCTTCCATCTCGCTCACTGAGGTCTGGTAACTAAGCAAAGCACACATGTTACTCACTTGAGGGAAGCCCCGACACCCAACCATAAATTCGCCAGTCTGAGGAAAGAA 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest mir-166 1e-57 osa-MIR166c 9e-67 -66.9 ..........(((((((((((((((((..((((((((((((((((..((((.(((.((((.....)))).)))..((((.....)))).))))..))))))))))))))))..)))))))).....))))))))).... (-66.9)