mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCGACAAGTAATTCCGAAT CCGGAATATTTGTCACAAGA CAAACGAATACTCCCTCTGTCCGGAATATTTGTCACAAGAACAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTTTAAATACATCATTTTGTATCCATTTATGCGACAAGTAATTCCGAATTGAAAGGAGTACACGACCA CAAACGAATACTCCCTCTGTCCGGAATATTTGTCACAAGAACAGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTTTAAATACATCATTTTGTATCCATTTATGCGACAAGTAATTCCGAATTGAAAGGAGTACACGACCATAATGTGAGGAATAATATCAGCTCTGTGTCAGTGTTCAATTCTAGAATAACTCTGGGACAATACTGGAAGCGCAAAACCTTATGCATGCCCGCAGTGGTTGCTCGGGTTAGACGACACAGCGCAGCGATTGGTGAGAGAAGGGCGGTACCTTGAACAGAGGAGCAAGTACCTGGCGGCCATAGCGGCGATCAGGGACGCCTTTGGGCAACTGTCCTGCAATGAGAAG 3 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-20 tae-MIR1136 0.0000000001 -31.9 ....((..((((((.((.((.(((((((((((((.((.(((..((((((....(((((((((.......)))))))))....))))))..))).)).))))))).)))))).)).))..))))))..)).... (-31.9)