mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATACTTCCTCCGTCCCAAAA TTGGAACAGAGGGAATATATG TGAGCTTTATCTAATGATATTTAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGATTTAAAAATGACTCAGTTTTGTACTAACTTTAGTACAAAATTGAGTCACTTATTTTGGAACAGAGGGAATATATGTTTAGATATAGTAGTCCCA AATCAGTCCTGAGCACGATCAGGTCCCTCGTAGACCACGAGTACAGAGCTGCCAATTGCCTATATCCAGCGTCACTGCTCATGCCTTCTTTTCATAGTTGAGTCCTTGCTTGTGCATGATGCTAGTTAGACACAAAAGGTGGAGTTGATGGAGGGTTTCTTCGTAATTCATCTTCTAAAGTTATTAGGCAGTGTGCACTAGTATATCTTGAGCTTTATCTAATGATATTTAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGATTTAAAAATGACTCAGTTTTGTACTAACTTTAGTACAAAATTGAGTCACTTATTTTGGAACAGAGGGAATATATGTTTAGATATAGTAGTCCCAGTGTGTTGTGTCTAAACCAACAACATTTAATGTCTTTTGTAAGAGAAAGTTATGAGATGTCTTGGATTTGGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-20 tae-MIR1137 0.000000002 -48.6 ...(((.((((((..(((((...(((.((((((.((.(((((((((((...........(((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))).)).)))))).)))))))))))))).)))....... (-48.6)