mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGAGACGAATCTTTTGAGC TTAATAAATTCGTCTCGTAGT ATGTTTGGACACATGTATGGAGCAATAAATGTGAACGAAAAAAAAACCAATTGCACAGTTTGCATGCAAATTGCGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTACGCCATGATTTTACAATATGATGCTACAGTAAACATTTGCTAATAACAGATTAATTAGGCTTAATAAATTCGTCTCGTAGTTTCCTGGCAGCATCTGTAATTTGTTTTATTATTGGACTACGTTTAATTCCTTCAAATGTGTGTTCATA AAGGGACAAAAAAAGAAATTCCAATGTTAATNAAGAAAAAGAGAAAAAAAATAACCCTTGGGTCCTAGTAGATCCAGATTATAACAGTTTAGATTTAATATAGGGTGTGTTTGGATTCCAATTTTTTTTCTAAAAACATCACATCAAATGTTTGGACACATGTATGGAGCAATAAATGTGAACGAAAAAAAAACCAATTGCACAGTTTGCATGCAAATTGCGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTACGCCATGATTTTACAATATGATGCTACAGTAAACATTTGCTAATAACAGATTAATTAGGCTTAATAAATTCGTCTCGTAGTTTCCTGGCAGCATCTGTAATTTGTTTTATTATTGGACTACGTTTAATTCCTTCAAATGTGTGTTCATATACTTCATAATTTTTACACCTAAACAACTAAACACGGCCATAATAGTTATATAACCAATATAAATCTTTTTTTACGGAAGCTTAAAGTAACTATAGGAATCGAAGTAAAAAAAGCTTGAGATGGAAATGACCAAACAAACCACATGCACAAGAAAAAAGGAAAAATAGAAGGGTATTAGGATTAGGTTTTTGTGTAAATGGACAAAAAAACAAAGATTGGGTGGNGGTGTAAACAGACCAAAAAAAA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 4e-52 -70.6 .....(((((((((((.(((((.((((((((((..(((.((.(((((.((((..((((..(((.(((((((((((((((((((...(((((((((((((.....((...((((((.(((.(((....)))..)))))).)))...))...)))))))))))))...))))))))))))))))....)))))).)))))))).))))).)).)))...))))))).))).))))).))))))))))).. (-70.6)