mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATACTTCCTCCGTCCCAAAA TTGGAACAGGGGAAGTAGAAA TGAGCAAAAATAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAATTGTCTAGAGGCTTAGTACAATTTTATACTAAAGCTAGTACAAGGTTGAGACATTTATTTTGGAACAGGGGAAGTAGAAACAAGGCTA AAAGAATTCTGCATTGATCAAAAATGCTCAGTCCACAAAAAGTTTCTCCGTGTTTCTCAATTCAAAACATTACAAGGGGACGGAGCACCGGTAAAAGCCGTACAACAAGCATAACGAGTTCATATTTTCCAAACACCGAAAACAAGTCCCTCACTACCAAAATTGCATAGCTTTAGTGTAGAGGGTCAGCACACGCAATCTCTACACCAAGCTATGGTATGAGCAAAAATAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAATTGTCTAGAGGCTTAGTACAATTTTATACTAAAGCTAGTACAAGGTTGAGACATTTATTTTGGAACAGGGGAAGTAGAAACAAGGCTACAGTATGGTCCTTGTAAGCACGGCGATGGATCAGTTGGCTGAATATTTCTTTGACAGCGCGTCGAAGTGTTTCCTTTGCTGTTCTGATACTGAGGGCTTTACTTTAGATAGAGCATGCTCAAAGTGCTGCAGTTTTATCTTATTAGTCAAGTCAGTACTCATTGACGAGTCCCCTTTCGCCAGGAATTCGCACCTCTCTTCCAACGCTGCCATGGCTGCTTCGTTCACCAGTGATGCCAGGTCAGCACCAGTGAGATTATTGCACTCCTCTCGACGTGCAATTGTTTCCAAATCAACATCTTCCGAGAGAGTTTTCTTTTCAGTATGTGCTTTCAATATCGCAACCCGCTCATCAGCACCAGGTAAAGGTACAAAATGTTTCTTCCCAAATCTACCA 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-16 osa-MIR1439 0.0004 -41.5 ..(((........(((((((((.((.(((((((((.(((((...(((((.((((..(((((...)))))...)))).))))).))))).))))))))).)).)))))))))........))). (-41.5)