mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTAAGACGGAGAGA AGCAAAATACTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAGTACAACTTTGCACTAGAGCTAGTACAAAGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAGAGAGTACAACACATC TTTCTGTTATTGCCTAGTACTCGGTATGTCTAACAGAAATTATTGTTATTTTCCAAGAAAAAGTTGATTCAACGGACCCTTTGCAGCAAAATACTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAGTACAACTTTGCACTAGAGCTAGTACAAAGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAGAGAGTACAACACATCATTGTGTATGCAGTGGCCTTGGCAAATTTGCCATCGTATCCGGATTCTCTACATGTTTAGAGCCATCCATTCCATCTCCACCGTCACCTCCCCCGACTCGGTGTGCTGCAGCTTCAGGGAAACCTCCTGCTTCACCTTGCCTCCGGTCACCATGACAGCGCTGTCGGCGGTTAGAGCGTTGTCACCGGACTTGAGCCACCGGCCGATCTGTATGTCACCGAGCAGCTCTGGATCTCCAAACGATGCTGCCGCATTGATCATGGGCTGCAGGTCGATCTCGGCCTCCCCCATCAGGTCGTCTTTGGAAACCATATCATGGTCCAACACTTGCAGCTTCAGAGGCCCGTACTTCTGAGGAACAGAGAGCTTGAGTTCTTCATTCCAGACGGGGTTCAGGTTTCCTTTGATCACTGAAGTCTGTGCTTTCTGTTGTCCGAGGGTCAAG 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 9e-30 far-MIR1122 0.000001 -42.9 ..........(((((.(((((((..((((((((((((((((.(((.((((..(((((...)))))...)))).)))))))))))))))))))..))))))).)))))......... (-42.9)