mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCCGTCCCAAAATAAGTGA ACATATTTCGGGGTCGAGGGA GAAGAAGGGAACGCTTCATCTTTGTAGCTAATTATATACTCCTTCCGTCCCAAAATAAGTGAATCAAAAATGACTTAGTTTTTACTAAATTTAGTATAAAGTTAAGTCACTTTTGATTCACATATTTCGGGGTCGAGGGAGTACTTCATAGCAACAATTTTGTAATTGTTCTAAATTC AGACAACATAATGATAGAAGCGTTTGCTGAGGAAAATAATATGGTGTTCCTGTCGACATTGAACAACATCTATGCGCTCCATCTTCAGTCATTGGAGTTGAAAAAAATACCCAAAACCGACAGCGGATCTCGGTACCATCCATACGAAAGTGTCTATAATGCAGATGTTGGCGGGGAACATGGTCGAGCTGAACTTTTTGCACAATGCATAGGATGACCGGCTGGTCTGATACGCTATCATGATGTATTGGTTGATCAGGAGCTTTAGGCTCAAGGAGTTGGAAGAAGGGAACGCTTCATCTTTGTAGCTAATTATATACTCCTTCCGTCCCAAAATAAGTGAATCAAAAATGACTTAGTTTTTACTAAATTTAGTATAAAGTTAAGTCACTTTTGATTCACATATTTCGGGGTCGAGGGAGTACTTCATAGCAACAATTTTGTAATTGTTCTAAATTCCTGGATGATGTAAACTATGGCATGATTGTAATATATATAATATACTCATTTTGGTCATCAT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000000001 osa-MIR1862c 0.0006 -61.3 ...(((.((((((.((((...((((.((((......(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((.(((((((((((.(((((....))))).))).)))))))).))))))))))).))))).))))).))))))))).....)))).))))...)).)).))))))...))) (-61.3)