mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACACAGTTGAGTCATTT GTGACTCAACTTTGTACTAAC ACAGGGAAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAAGTGACTCAACTTTGTACTAACTTTAGTGCAAATTTAGTACACAGTTGAGTCATTTATTTTGGGACAGAGGGATTATTATATAC GACAGAAAAGTGCAATTATCAGGGCACAGATGAGCAAAACAGATACTAGATAATTTCTCTTTCATACAACTTCACCTACCTCCCCTGTCCTTGTTAATGACAACTTCAGGTACGGTCACAATGCAGCTACAGAAAAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTAGTATGATTGATCCTACCAACGTACAGGGAAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTAAGTGACTCAACTTTGTACTAACTTTAGTGCAAATTTAGTACACAGTTGAGTCATTTATTTTGGGACAGAGGGATTATTATATACATGTTCCTCTTTTCCGAGGGATGCTTAGCTGTCTTCGCACTACCTTGCAGTCAACAACACCTGATCCTGTAGCTGCAAGAGATCTCCATCCCTCAATCCTTCCCTCCTTAATCTTTCATAGATCTCATAGCAGATTGTTTTGTTATATACATCCAACTTGATCTAGCAGCAAATGGATTGTTTTCTATGGTTAACTAAGTTTGCTGTCAAGATTTATGTTTTGGACACAAAGATTGATATGCGCTGCAATTTTGAACTTCAAAAAATGATGAATTTGTTTCTC 1 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-22 tae-MIR1137 0.0000000004 -54.7 .......((((.((((((.((((((((.((((((((((((((.((((((((.(((.....))).)))))))).)))))))))))))).)))))))).)))))).))))...... (-54.7)