mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCCCAAAATAAGT AGGATAAATATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAATACAATTTTATACTAGAGCTAATACAAAGTTGGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAACAAAGAAA TTATCTCCAACGCAACTTGAACAGCTTAGCTGTTGATGGTAGACTTTTCATCATCGGTTTCATGGGAGGACTACAACTGAAGTGAACCTGCAGGCTATGCTTGCCCGAAGATTGACCATACAAGGTGCTGGACTGCGGACAGAAGCCTCGCTAACAAAGCCCAGATCGTCAGTGAGGTGGAGAAGAACGTGTGGCCTGCCGTCGTGTGGGCAAGGTGAAGCCGGTGATTTACAAGACATTCCCTCTGTCCGAAGCAGCTGAATCTCACAAGCTGATGAGACGAGCTCCCACATTGGCAAGATACTGCTGATTCCATGATTGGGTATGGTCTATGTATCATGTATTATGTGTACACTGGCCGCTGTGAGCACTGTTTTCTGTAGTGAGCTATGCATGGACATGTCCTTCTACTAGATATTGTACCAATAATAAGTTGGATCTCGAGGTGCTGGTGAAATTGGATATGTATCTCGAGGATAAATATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAATACAATTTTATACTAGAGCTAATACAAAGTTGGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAACAAAGAAATGTTGGAACTTGG 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-35 osa-MIR1862e 0.000006 -49.5 ..........((((((((((((((((((((((((((((..(((((.................)))))(((.....)))))))))))))))))))))))))))))))......... (-49.5)