mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTACATTATGGAACGGAAG TTCATTCTATAATGTAGTACG GGATAGTACGTACTTCCTTCATTCTATAATGTAGTACGTCGGTGTTCTTTGAGATTTAATTTTATTCATAAATTAACCAACGTTGATGGTTGCGACGGGAGCAAAAATTATACCCTTCAAAACCTTTTTTTGAATATGAATTCAATGATATAATTTTAAACCCTCCGCAATTGTTCTCGTTGGTTAAATTTATAATTAAATTTAAATTTTGAAAAACACGGACACACTACATTATGGAACGGAAGAAGTAGAATATATA ATGGGAAATTATATCCTTCTACTAGCAACCGGTTATTCAGTTATTTATTTTTGGGAACAATAATTTGGAAAAGAGATTTTGAAAGTACACAACAACCGAAAGGCATTACATAACTCAAACTCGCAAGATAGATTCATTGCACACAAACGCATATAAGAATGCATGGAAGAAGAAATGAGAAATAGACAGCGAGATCATAAAATATATTAATACATGGGGGATTATACGTNGAGTATAGTAATCACGGTATGATTACACGATCATGAAGTAAAACAAACAAGCACTATGATAAAAACAGTAGGATAGTACGTACTTCCTTCATTCTATAATGTAGTACGTCGGTGTTCTTTGAGATTTAATTTTATTCATAAATTAACCAACGTTGATGGTTGCGACGGGAGCAAAAATTATACCCTTCAAAACCTTTTTTTGAATATGAATTCAATGATATAATTTTAAACCCTCCGCAATTGTTCTCGTTGGTTAAATTTATAATTAAATTTAAATTTTGAAAAACACGGACACACTACATTATGGAACGGAAGAAGTAGAATATATATCATCATGCAACCCGTAGAACGATGAGGATGAGCAAGCAGGATGAAGCTGCTAGCTAGCTACCTGGTTCTCAAGGATTTGATGACGTTGGAGCCCAGATCGAAAGCTGCAAGAATTGCCGGCGCCGGATTTCCTGTGAGCACCGCTATGATTATGCTGGCCAGGGCCTTAACGATCTCGAATATGGGGTCGAAGTTCCTCTCGGCCTTCCCTGACCTGTGCTTCTGCAACGTTGTCTCCTTGACGTAACAGGCCAGGCTGCTATTACCGTCGGTGCTTGAACTTGAG 3 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest 100 tae-MIR1125 0.0008 -75.9 ..........((((((.(((.((((((((((((((..(((.(((((.((((((((((((.((((...(((((((((((((((..((((((((((..(((....(((((((((...(((((((.....)))))))(((.......))).)))))))))...)))..))))))))))..)))))))).)))))))...)))).)))))))))))).))))).)))..)))))))))))))).))).))))))......... (-75.9)