mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTATGGAACGGAGGG AAATGCCATATATTAAAGTGGGATTCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCCTTTAGTGAAATCTCTAAAACGACTTATATTATGGAACGGAGGGAGTATGTTTTTTCTTTGGTTGGTGACGTTGGT CGAAGTGTCCACCTGGCGTGCGGCGGCGGCGGCGGCATTTTCAGAGGGCGCTGGGCTACGTCGTCAACGAGTTCCTCGTCCGGGCCTCGCCAACAACCGTGCCTTCCAGAGGTTTGCTGTGAGCACCAACAGGACTTTCGAGAATCTCTCATCTAGAGTTAAACAAGTCAGGGAGGAGGTGTCAGAGCAAATGAGGGATTCTCGTGGGCATGATAATCGCTTCAAGCAGTGATGTCGACTCCTAGGCGTGCATCAAGTTGCTAACTGTACAATCCTGCTATCAGCGTTCCCGGTCATCTTTTCTTGTCCTGTTTTTGGATGCCATCCTCAAGAGGCCCTTGTATAGAATCTGAATCCAAATGATTTTACTTTCTACGGAGAATGTTTTTATAGAAAGAACTGTCTAGAGAGCATTATTTCCTAAATGCCATATATTAAAGTGGGATTCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCCTTTAGTGAAATCTCTAAAACGACTTATATTATGGAACGGAGGGAGTATGTTTTTTCTTTGGTTGGTGACGTTGGTCTTGGACTGTTTGTCCTCCTGTTGGCTTTGCTCC 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.0000000005 tae-MIR1126 0.000006 -47.1 .((((.(((..(((((((.(((((.....(((((((((((((((..((((((((((.(((...((....))..))).))))))))))..))))))))))))))).)))))..)))))))..))).))))... (-47.1)