mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGAAGTACT ATACTCCCTCCGTCCCAAAATA ATACTCTTAGATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAATTTATACTAGCTTTAATACAAATTTGTATTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTAC CGAATCTAGTATACATNCTATTCGGTCCCAATNCGAATCCATACATCCTTCAGTGATCTAGTCTTTCTCATTGCTCACTAGTGGAAATTACACCTTAAAAAAACGTAGTTAGCCCCAAATCCTATCTAGAACATCTCCTAGCTTCCCCACTAGTGGAAATTACATCTTGTAGCTTCCCCACTGGTCCTATCTAGAACATCACTACTAGGGACCGAGAATATACTCTTAGATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAATTTATACTAGCTTTAATACAAATTTGTATTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACACTACAAAAGACTGCCAGAATATCAAAATGCGTGTTTGTTGTCACACCTTCCTTGCTTGACACAACCCGTCGAGACGATTTTTCTCAGTTCTTTTTCCACTATAGGCATCCAAAATGCCCTCTTTTGCATCTTAGCCAGGTAAATTACCAAACTAGTTGACTCAACGTCTTCTCCCAGAACATTGACTTAATAATACTTTCCAGCAGAAGGTAATATCAGTATTACAATAGCACAAAAGTTGAGAATCTCAGCGCTTGTATACCAGGAACTTAGAACGC 2 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-27 osa-MIR1862e 0.000001 -42 ......((((.((((.((((.((((((((((((.(((((((.........(((((.((((((....)))))))))))))))))).)))))))))))).)))).))))))))..... (-42)