mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCAAAATTC TATTTGAGACGGAGGGAGTAC TCTTAGTTTATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGGTTTGTGTAGAAATGAATGTATCTAAATAGCAAAACGTGACTAGATACATTTATATCACAAATCTAAGACAAAATATTTGAGACGGAGGGAGTACTAGTGAAA GTGGGACTAGGGAAAGAAATCACCGAGACAGTTGAGAAAGTCTTCTGCCGGCTCAGCGGAATTGACATGATGCCACCTCCAGCTTCAACATCTGGTGCTCCTCAAGAGAAGCAAACAAACATGGCTGTAGAGGAGGGTCAGAAGGATATGGAAATGGATGCCTCTGAACCATCATCTTCCTCAAGGAAGAGGCCTTTCAGTGACATCAATGTGAAAGGAGCAGGTGCTATACCGAACGGTGGCGCTACATACCAGCATGACGGTCATGAGGATGGGAACTAGGAGAGCTGGTGATGTTCTTCCGTTTGTTGTGATTTTTAGTTATTGAGGGTAAATTAGCTGTTGTGTTTTCATGGCCCAAAAACTGTTGAGTTCTTGGATAATGGTATAGTTCCACAATGTAGGGTTGTATGATTTAAGCCCATGGCTTCTTAGTTTATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGGTTTGTGTAGAAATGAATGTATCTAAATAGCAAAACGTGACTAGATACATTTATATCACAAATCTAAGACAAAATATTTGAGACGGAGGGAGTACTAGTGAAAAGTTATGTGTCTGATAGGATGTTTCAACTTTAGAACCTTGGAGGGATCTAACTGCGTGTTCTCATTGTAGAACAAGTTGGTCGACTACTTC 5 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 7e-28 tae-MIR1122 1e-16 -57.7 (((((((....((((((((((((.((((....((((((((((((((((.....(((((((((((((....((.....))...)))))))))))))..))))))))))))))))....)))).))))))))))))))))).)).. (-57.7)