mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAATTGT ATTTATTTTGAAACAGAGGAA AAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATAATTGTCTTAGGTTTAGTACAATTTTATAATAGAGCTAGTACAAGGTTGAGACATTTATTTTGAAACAGAGGAAGTAGAAAC CTTTTTTTAGCATAACGAGTTCATATTTTCCAAACACCGAAAACAAGTCCCTCACTACCAAAATTGCATAGCTTTAGTGTAGAGGGTCAGCACGCGCAATCTCTACACCAAGCTATGGTATGAGCAAAAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATAATTGTCTTAGGTTTAGTACAATTTTATAATAGAGCTAGTACAAGGTTGAGACATTTATTTTGAAACAGAGGAAGTAGAAACAAGACTACAGTATGGTCCTTGTAAGCACGGCGATGGATCAGTTGGCCGAATATTTCTTTGACAGCGCGTCGAAGTGTTTCCTTTGCTGTTCTGATACTGAGGGCTTTACTTTAGATAGCGCATGCTCAAAGTGCTGCAGTTTTATCTTATTAGTCAAGTCAGTACTCATTGACGAGTCACCTTTCGCCAGGAATTCGCACCTCTCTTCCAACGCTGCCATGGCTGCTTCGTTCACCAGTGATGCCAGGTCGGCACCAGTGAGATTATTGCACTCCTCTCGACGTGCAATTGTTTCCAAATCAACATCTTCCGAGAGAGTTTTCTTTTCAGTATGTGCTTTCAATATCGCAACCCGCTCATCAGCACCAGGTAAAGGTACAAAATGTTTCTTCCCAAATCTACCAGGCCGTAGAACAGCCTCATCTATAACATCAATTCTGTTCGTAGCTCCAAT 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-23 tae-MIR1122 0.000001 -28.2 ......((((.((((.((..((((((((.((((((((.(((.((((..(((((...)))))...))))))).)))))))).))))))))..)).)))).))))..... (-28.2)