mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCCCAAAATAACT TGCATACAAATAGGTACAACTTTGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAACTATCTCAACTTTATACTAGATCTAGTATAAATTTGTACTAAGCTTAAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTAGTAAAGTACTCTAATTTCAA CTCGTGCCGAATTCGGCACGAGAATTTACTTACAAAAAATTGTTAATTTCAACATTTTTGACATATTTTATATTATATCAATTTATCTAAATTACAGGTATAAAAAATTCCTTGAGAGCTTCCCTCGATGAGTTCATATTATGGGTAAAAGTATTCACATTTTTAAAACATACCTGTGACAACTTTTACTATATATTCTACAACACTTTAGCCCAAAGTCATTTACAGAACGGTGTATAGTTTTCGAAAACAACATGAGAAAATTCATGCATACAAATAGGTACAACTTTGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAACTATCTCAACTTTATACTAGATCTAGTATAAATTTGTACTAAGCTTAAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTAGTAAAGTACTCTAATTTCAAAAAGCTTATTTGAGAGAGAGCAAAGTTCATGATAGTAAGTTTGTGTACGTACTACATAGTGAAAAATGCTAATATTTTTTAAAAACAAAATAACACATGCATATTAATTTCAAAACTGAAAATTTACTGGNGCCACCCAGAACCACCATCGTTGGAATATGTAGGCCTGTTCCCCGCAAAAGGACCCCCGCGTGGTGGT 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-44 osa-MIR1862e 0.00003 -58.8 ..........(((((((.(((..(((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((....))))))))).)))...........))).))))))))))))))))))))))))).)))...)))).)))....... (-58.8)