mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACGGAGGGAGTACA TACTCCCTCCGTCCCAAAATA GATAATTATGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAATGTCTCAACTTTGTATTACCTCTAGTATAAAGTTGTACTTAGCTTGAGACAATTATTTTGGGACGGAGGGAGTACACCATAAA ACTAAATNGTCTATTCATTGTTGATGTCTATTACAACCCCAACCCCAGATATGCCAACTTACAATATTTACTATCCGTTACACTCAAATAGAACAAACAACTCTTTGCTGAGTAGGGTTTCACGGGTTCACACTTTCGCACTTTTAACTTTCTTAGCCATGGAGCTCCTGTAAAAGACGAACCAAGTAAAAGGTTTACACACGACAATACTTGCTATTTATAGATCAGCTTTCAACTTGATAATTATGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAATGTCTCAACTTTGTATTACCTCTAGTATAAAGTTGTACTTAGCTTGAGACAATTATTTTGGGACGGAGGGAGTACACCATAAATAAATTGTTTCTGTTTAGTACAAGTTCATTTAGTACTCATCTCCTTTATTTGTGTCCAATTAGTGCATGCTCATTTAATGATGCAAGCAAGCTCCAAATAGCTTGACATGCATCATGAGATGTGAGTAAAAACATCGCCCCTGCGAGATCCAGCCACCTGGCGCATGTATGTGTAGGTACCGATAGAAGAGTGTACGTGGATGTAGGGCGTGTGGAGGGAGAGCANAAGCGCCCACCTGAACTGCAGCTT 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 6e-37 osa-MIR1862e 0.000006 -56.8 ........((((((((((((((((((((((((.((((((((((..((((.((............)).))))..)).)))))))).))))))))))))))))))))))))....... (-56.8)