mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA TTATGGGACGGAGGGAGTACC AACTAGATACTCCCTCCGTCCCATAATATGTGAGTATATTGGATGTAATAACGCCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTACCTGCA ATACTATAGTTTATGTACAAAGACCTGCGACACAGAAAACCGAACAATACTACATATACAAGCCATGGCGACATGCAGTTTATGCTTGCTATTTGTAACAGCCAACATAACATAAATGGTGAATGCTGATCCTAATACCTAATTTCCCAAGATGGAGCTCGCTGGAACTGGCAAGCTCAGGCTCAGTGCATGATAAGGATGCATCTTAAGTCTAATCCTGCTGGATTGTGCCGTGAAAAGTCTTTGAGATTAGTGGCCTTACGTCCTCTGCATCAACAAGGGTCTCGAGGAACGGGAGTAACTCAACCAATTCCTGGTCCGCGGGGTCATCAAACCAGCTCTTTATCGGGATACCATTATCGACTTGCAACTGGAAAACCTGAAAGACGAGAGGTTTCAGGTATGATGCACCCATAAGAGTATTCAGGAGATGAAGAGAGCGGCTCTAGTTGTTAAAAAGTTTTAATTCAAAAGGAAGCAACTAGATACTCCCTCCGTCCCATAATATGTGAGTATATTGGATGTAATAACGCCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTACCTGCAGATCACATGCCTAGAT 0 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000000001 tae-MIR1120 0.0000000003 -40.8 ...(((.(((((((((((((((((((((((...((.(((((....)))))))....))))))))))))))))))))))).))).. (-40.8)