mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGTATGGAGGAAGTATA TGTAATAAAATTACTATAGTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTCTACATGTTTCACTAATGGACTACATACAGATGTATATAGACATACTTTATATATAGATTCACTAATTTTGCTCCGCATGTAGACACCTAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGTATGGAGGAAGTATATGGTATTAAATC GGAATACAGGCACATCGAGACGGCGTCGTCGATGCCGGTGTTCGCGCCGACGGGTTCCTGTTCTGATGACGGCGGCGGACCGACGTCGACGATGACGACCACCAAAACGAAGCAGCAGAATTGGAAATCTATATACAGGTTGCTATTACTGTCTACGTATTGCAGGACTAAGGATCTGTACAGGGAATAAACCGGCTCCTTGGCGAGCTGGATTAATTAATCAACTACGTAAGTGCGTGCCCGTGCGTGCCGCGTGTAAGTAAGTGTGATGTGTGTGTATCTAGGCAGGGTACGGTTGCCCTGCACTGTACATGCATCACGTACCATGCATGCACGACCTTGTAAATCCTATGTCGAACTCATGGTGTAAATGTCATGTGCATATATCTGTAATAAAATTACTATAGTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTCTACATGTTTCACTAATGGACTACATACAGATGTATATAGACATACTTTATATATAGATTCACTAATTTTGCTCCGCATGTAGACACCTAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGTATGGAGGAAGTATATGGTATTAAATC 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-41 tae-MIR1126 0.0000002 -50.1 ...........(((((((...((((.(((((((.(((((((((((((((((....((((((((.((..((.((((((...((((((((((((.....))))))))))................))...))))))...)))).))))))))....))))))))))))))))).))))))).)))))))))))....... (-50.1)