mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAACCGATGGAGTACA TGCTTATATAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACCTTTTAGAAATTACATTATAAGCTTCATACGGATGTACATAGACATATTTTATAATGTATAAATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTAGTTTTCTAGTGAAAACTCTAAAAGGTCTTATATTTAGGAACCGATGGAGTACAAACACCAA TGATTTTGTGATCCGATCTTATTTGGACGGCATAAGGCAAATNAAATGGGTCAAGTCGACGGCAAAGCATGCATCTGCTTATATAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACCTTTTAGAAATTACATTATAAGCTTCATACGGATGTACATAGACATATTTTATAATGTATAAATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTAGTTTTCTAGTGAAAACTCTAAAAGGTCTTATATTTAGGAACCGATGGAGTACAAACACCAACTCGCCCTTTTTTTAAACCATCACCAAGTCGCCTTTAGTAGTAGAGATGTTTTACGAACCAAACACACACAAATGCAGCCGGTGATACCTACGCGCTGGCTGGAATGCTGAAAAATAATTCTTTTTGGTGGTACAACGTCTTAGTGCTACTGTAAACAAACGAATGACTGGACTGGCATATGAGAATTCAGATGCAACGACCTGGCAGGCACTACTATCCCTTCAAGAGGCTGTCTCACAAAGTGGCAATCCTTCACAACCTCGCGATGACCGCTTCAACCTCTGCAGGAGTGTAGAGGTGGTAGCTGGGGGAGACATTCGCAATGTCAACATTGTTTGGGGTCACCTTTTCTTCCATAACCTGCTTCAGGATAGAAAGGGCTATGGTCTCTGCCTCAGCGATTGTCAATTCCTTGTTGTACTGCTCTTGTAATGAGCTATCAGCTCCT 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-44 tae-MIR1122 0.0000000006 -65.1 ..........(((((((.((.(((((((((((((((((((((((((..((.(((((.(((((.((((((((.(((...........((((((...))))))...........))))))))))).)))))..))))).))..))))))))))))))))))))))))).)).)))))))......... (-65.1)