mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGAAGGGAGTAGAAT GCATCAACAAGCGTTCAACAATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGATATTTCACTAGGAGTCTACATACGGAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTAAAGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCACTAATGAAATCTTTTTGAAGACTTATATTTAGGAACGAAGGGAGTAGAATGCATGCTGTTTCAAAAGA CTTTTTTTAGTCTGAACCGAAAAACGGGTAGCTACATAAACAAACCCCTTGTACAAACTACCAAGTTATCAAGGCATCAACAAGCGTTCAACAATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGATATTTCACTAGGAGTCTACATACGGAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTAAAGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCACTAATGAAATCTTTTTGAAGACTTATATTTAGGAACGAAGGGAGTAGAATGCATGCTGTTTCAAAAGAATCTTAATGCTAAACGAATTTGGCTAAGTTAAACTGTTCTGACTACCTAAAGTGCTAGAAAATGCAGCATACATACACTTGGAATCACATCATTCAATCATACAGGCATATGCTGCGGTAGGCCACATCCAACACCACTAATTATGTAACCGAACGACCCCGACCGGAGCCTCAGACCTTCTGCTCACGAAAGCTGTGCATCCAGCCTCCAACCTGTGCTCCGTCTTCTTCAACCTTTGCGGCGGTGAACGTGATGCCGATCTTGATC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-58 tae-MIR1126 1e-23 -73.2 ....((.((.((((((.......((((((((.(((((((((((((((((((((.((((.((((((.(((....(((((((((((......((.(((.((.(((........))).)).))).))..)))))))))))....))).)))))).)))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))).)).)).......... (-73.2)