mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTTAGGAACCC CAACATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTAAAGAGGTATCATTAGTGGACTACATACGGATGTATATAGACATACTATAGAGTGGAGATTCATTCATTTTGCTTCATATGTAGATTCCTAGTAAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACCC GCTATAAATATGACAGCACTTAGCAATGTATTTCATCGTCAAAGACAAAACACACACCAACAATATACTCTCCTTTTTTGCGAGAAAATTACAACATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTAAAGAGGTATCATTAGTGGACTACATACGGATGTATATAGACATACTATAGAGTGGAGATTCATTCATTTTGCTTCATATGTAGATTCCTAGTAAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACCC 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 9e-40 tae-MIR1122 1e-16 -45.3 ...............((((((((((((((((((((.((((......(((((.((((((((((..((.((.(((((.....)))))(((((((......))))))).)).)).))))))).))))))))......)))).)))))))))))))))))))).. (-45.3)