mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTT CTTATATTTAGGAACGTACAT AGAGATTTTGAAACGGATGGAGTAATAAGCAGTCAACTTTTACTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTTTTTGTAGAGATTTCACTAGTGGGCTACATACGGATGTATATAGACATACTTTAGAGTATATATTCAATCATTTTGCTCCGTATGTAGACCCTTAGTGAAATCGCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACGTACATGTTATTCTGACCAAGAGAAAACAAAGGTCACTGATCACAATTCACCAC GATAGTAGAGATTTTGAAACGGATGGAGTAATAAGCAGTCAACTTTTACTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTTTTTGTAGAGATTTCACTAGTGGGCTACATACGGATGTATATAGACATACTTTAGAGTATATATTCAATCATTTTGCTCCGTATGTAGACCCTTAGTGAAATCGCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACGTACATGTTATTCTGACCAAGAGAAAACAAAGGTCACTGATCACAATTCACCACACCCAGCAGCTCATCATCACGTCACATGGGCCTCCCAGCCAGCATGAAGGCCTTGAACACAAGCTTCCTGGGCACCGTCGGCAGATCCCCCCACCCCTCTTCCATCTCCTTCATCACATCCTTCACCAGCGCCTCCAGGTCCACCCCTCTCTCCCTGGNCGTCG 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-64 tae-MIR1126 6e-20 -78.2 ..............(((((((((((.(((.......))))))))))).)))...(((((((((((((((((((((..((.(((((((((((.((((((((((((((((.(((((.((..........)).))))).))..........))))))))))).)))))))))))))).))..)))))))))))))))))))))....(((.(((.(((((.............)))))..))).)))......... (-78.2)