mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACTCCCTCCGTTCCTAAA TTGGAAGGGAGGGAGTATGTA CCGCATGGCATGCAAGAGAGCTTGCTGTCTAACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTAAGATTTTATTTCAAACTACGTATGGATGTATATATACATATTTTAGATTGGATTCATTCATTTTGCTCTGTATGTAGTCCGTAGTAGAATCTCTAGAAAGACTTGTACTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGAGCTAGTACAAAGTTGTACTTAGCTCGAGACATTTATTTTGGAAGGGAGGGAGTATGTAATATGGCTGCTGTTGCTTGTAATACTAC GAGGATCACTCTTCAAGGGAAGAGGATTCGTGCTAGAACTTTTGGTTTGACCATCTCCATAATTGACTTCACTCTTTCTCGGATCAATACAGGGAATGCCATCCTCTTTCTTGACCTGTCTGAGGACCCTGAATTATTTGAAGGAAAAAAAGGGGACAAGCAGGCAGAAACTTATCGCAAGATGAAACAGATTACCAAGGAATGCTGGGAAGGCAGCTTCCCAAAGACAAATGTTGTCTGGCTAATTTACCTTGTAGATATTGTGCTGCAGAAGAAATATGAGGCTTGCAACTCCAAAGATGAGAGGGAGCTCCGGTCGTTCAAGAAACGGCTTTCCTCATGCAGTTCTGCTAGAGATTGCTTCGCCGATCCCATTTTCAGCGATCTGCTGTTGGAAGAGGAGGATATGCCCTCAGCAATGCCTCTCCTCTAGTTGCATCCATCAGTGGACTAACCATTTCGTTGGTTTCGGGTTTAGGGTTTAGAAACATGGTGGGCACTAGAGATTGAACCCACATGTTTATTCGCCCCCGCATGGCATGCAAGAGAGCTTGCTGTCTAACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTAAGATTTTATTTCAAACTACGTATGGATGTATATATACATATTTTAGATTGGATTCATTCATTTTGCTCTGTATGTAGTCCGTAGTAGAATCTCTAGAAAGACTTGTACTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGAGCTAGTACAAAGTTGTACTTAGCTCGAGACATTTATTTTGGAAGGGAGGGAGTATGTAATATGGCTGCTGTTGCTTGTAATACTACTTGAATATATCTTTTAAAAGCTGTTATATGCCAAAACACGTTCATCTCACAAAAGAATAACCTCCAACTAGTTCTCCGGGGGCCGAATTCGGCACCAGGAGCATGGCTACTTCACTAGGTGGAGCAAGGAATCCCCTTGGGAGACCCTGCGGCTGGTAACCAAACTTCAATTGGAAAAAAAACCCTCAAGCCCGTGGTTAAACTGTTCCCAAAGGGCAC 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-20 tae-MIR1122 0.000000000001 -73.5 ......((((.(((((....)))))))))....((((((((((.((((.(((((((((.(((((((((((((((((....((((((((((((((((....)))).....((((.((((....)))).)))).))))))))))))....)))))))))).))))))).)))))((......))....((((...((((((((((((....))))).)))))))....)))))))).)))).)))))))))).(((.(((.((.((....))..)).))).))) (-73.5)