mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACAGAGGG TTCTTTACTTCCTCCGTAAACTAATATAAGAGCATTTAAAAATTACTTTAGTAATCTAACACTCTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTATTTG CATACCTGGGAAGTTTTTCTTTACTTCCTCCGTAAACTAATATAAGAGCATTTAAAAATTACTTTAGTAATCTAACACTCTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTATTTGTTAGTAATCCATTTTCAACATTTATCTAGTACCATTCTCTTATTATTATTTTACTATAGTTACTCTCCATATATTTTACTCTAAAATTAGGAGAAACATGTGAGGCCCGTCTAGCTCAGTTGGTAGAGCGCAAGGCTCTTAACCTTGTGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGGTGGGCGCTGTCTTTTTTTGTTTTTATTCTTACCCATGTACTGAATTTCAGATCTATAGGGTGTACCAGTCTCGAGTTATTTAGTTTCCCTTCTTTGGATAACTTTAGTCATTTCGGCCTGAGCATGTACTGAAATTCGTTTCTATAGAGTCTGTCAGTCTTGAGTTATTTAGTTTCTTTTACCTTACCCATGTTCTGAATTTCGGGTCTATAGAGTGTATCAGTCTCGAGTTATTTAGTTTTCCTTCTTTGGATAACTCATAACTATAATAATTTCAGCCTGGAACATGTACTGAAATTC 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-17 tae-MIR1121 0.00007 -34.6 .....(((((((((.(((((((((((((((((...(((...(((((....))))).)))..))))))))))))))))).))))))))).... (-34.6)