mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCATCCCAAAATAAGTGA ACTTTTTCTGGGACAGAGGAA ATTAAGTACTCCCTCCATCCCAAAATAAGTGACCACTTTGGATTCAAAATTTGTCCCAAAATAAGTGACCACTTTAGAGTAGTACTAGTCTCATCAACTACTTCTAATTCAAATTTCTTACAATCTTATCCCCAACTACCCTCTCACTCCCAAACAACACTCATTTAATAGGGGCCATCTAGGTCATTTACCTCCCCCTCATAATTTGGCCATAAGTAGTAAAGCGGTCACTTTTTCTGGGACAGAGGAAGTAAAAGT GAAGACGAGACAAGGGGAAAGCTCTTCAGAAAGATATATTGGAGGTGTGAAATATAGAACAAGATGTGCATTTATATAACAAAGCTCTTTATCTAGACAGTTTGATTTAGCGTAAATGTATAGACTAAAATTAAATTAAGTACTCCCTCCATCCCAAAATAAGTGACCACTTTGGATTCAAAATTTGTCCCAAAATAAGTGACCACTTTAGAGTAGTACTAGTCTCATCAACTACTTCTAATTCAAATTTCTTACAATCTTATCCCCAACTACCCTCTCACTCCCAAACAACACTCATTTAATAGGGGCCATCTAGGTCATTTACCTCCCCCTCATAATTTGGCCATAAGTAGTAAAGCGGTCACTTTTTCTGGGACAGAGGAAGTAAAAGTAAAAATAACTAGCAATTTGACCCTATTTTCTAAACTTCGCTTATTTGACCCCGCTTTTCAAAAATGAACATTAGCTATGACCCTATTCTATCAAGCCAACCTAACGGTGTTAACTTAGGGGCCAAATACCGGTTATATCCTTGCTCATTTTGAGTATACTCTCTGAGTTTTTATTTATTTGGGTTCAGTTTTGGGTACTCGNTGNATGNGATGNAAGGTTTGACAAATTTGACTTGGAATTGACAAATTGGGGGNGAATTTGAGTTAGATTTGATAGACTTAAGGGAATATGGCCTGAATTTNACTTTGGNAAAAATTATNCATNAAAATGGCCGCTGAAAAAAAAAGCATNN 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000003 100 -50.9 ......((((.((((..(((((.((.((((((((.((((((((.......((((....((((...(((.....((((((((((.............))))).))))).))).))))...))))....))))...(((((..........(((((..........(((..(((((......((((.....)))).)))))..))))))))......))))))))).)))))))).)).)))))..)))).))))..... (-50.9)