mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTAGA TACTCCCTCCGTCCTAAAATT TCCGATGACTGGTACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCGTAGATTTGTTTAGATATGAATGTATCTAGTCAAGTTTTAGTATTTAGATACATCCATTTCTAGAAAAAGCTAAGACAAGAATTTTGGGACAGAGGGAGTAGAACTTATTGC GTCCGATGACTGGTACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCGTAGATTTGTTTAGATATGAATGTATCTAGTCAAGTTTTAGTATTTAGATACATCCATTTCTAGAAAAAGCTAAGACAAGAATTTTGGGACAGAGGGAGTAGAACTTATTGCGTAATTAACTCTGCTGTTATTGTTTTCTGCACATGTTTATTTGACATGTCTTTGTAATGTTATGGAAAGAGGTATTCAAGTAGTTCACACAGCAAAAAAGTCCAAATATAGCATTTTCACCTTTTTTGCTGTTGGTGACAAAGTACAAACGTGTTTTAGTTTTGAAGACCATGCATCTGTTTTTTCTTTTCTTTTTTGCCAAAGGCCATAAATTCGATGGAGTTAAATATGGATGCACTTAAAGAAATCCAAACTCGGTTTTACAATGACTTCCCTGCACACGAGAAAGAGAAGCTCTACAAGTTTGCTACTCCATCTACAATGAAGCCAACAAAGTGGAGTTATCCTGGTGGGGGTCTGAACCAAATTCCTGGTGAATGTACGATTTCAGGGGATATAAGGTTCAACTCTTGCCCTGAGGTCCTTAGATTCTCTTTAATTGCACTTGAGATGAAATGACCTG 3 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-48 tae-MIR1122 4e-23 -61.1 ..((((((....(((((((((.(((((((((((((((((.(((.(((.((((((.(((.((((((((((..............)))))))))).))).)))))).))).))).))))))))))))))))).)))))))))....)))))). (-61.1)