mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCTAAAAT TTTAAGACGGAGGGAGTAGTA CAAGCTTTATTTCCGGCTAACAAATACTCCCTCCGTCCTAAAATAATTGTCTTAAGCTTAGTATAATTTTATACTAGAGCTAGTATAAAGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAGGGAGTAGTAAGTAGACAATGAGAGTGCAA CTTTGAAAGTACTCCTAGTAGATTTCGCCTAGCGGCTCAATAGGATACGCATCCCGCTCCATTTTACTATTCCAACACGCACAATGATTTCAAGCTTTATTTCCGGCTAACAAATACTCCCTCCGTCCTAAAATAATTGTCTTAAGCTTAGTATAATTTTATACTAGAGCTAGTATAAAGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAGGGAGTAGTAAGTAGACAATGAGAGTGCAAAATAGTATGTAAAACAAAATGGGATGCTACGTCTAAGAGAAAGCAGGCATGAGCTTAGTTAAGATGGAGGTAAGGCGTGAGCAGAGACTGCCTGCCCCGCAGTCCACCGTCCACCAACCAGGATGGAGATTCATCACGCTATCAACGTGCGGCACGTTCTCCCCAACAAGAACAAGCGGCGGGATGCTCTGCTCGCTCCTGAAGTAGTCGCGGGGGTCGATCTTAGCCTTGGCCATGGCGAGCCT 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-32 far-MIR1122 0.000002 -52.1 ...((.....(((((.(((.....(((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((....))))))).))))..........))))))).)))))))).))))))))))))).....)))....)).))).)).. (-52.1)