mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCTAAAAT TTTAAAACGGAGAAAGTATTA TCTAGTAACAGATACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAGATATGAATATCAAGTATTTAGATACATTCATTTCTAGATAAACCTAATACAAGAATTTTAAAACGGAGAAAGTATTATATTTTAT GTTGGAGATCCTGGCCCAAGTGGCGCATCAGAGCGGGGTTGAGGTCTTTGTGAAGATATTCTATGGCGACCCGACCAAGAAGCTGTGCGAGGCAGTTGATCCGGTTCCTCTCGGCTGCCTGGTCATCGGAAGCAGAGGTCTGAGCACGCTCAAGAGGGCTCTGATGGGGAGCGTGAGCACCTACGTTGTGAACCACGCGGCCTGCCCGGTCACGGTCGTGAAGGAGAACATGTAGCTGCAGCTTGCTACCGATGTATGATGATACATACAAGAAGATAATACCGTCTGCAAGAACAGTAGTAGTAGCAAAGCAACGTGTAACCAGTAACAATAACATGACAAAAAAAGTGTGCTCGGACGGTGGTGTGTTAAGGGCCGAGTGTGCTTTGTACTTCGCTTCTAGTAACAGATACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAGATATGAATATCAAGTATTTAGATACATTCATTTCTAGATAAACCTAATACAAGAATTTTAAAACGGAGAAAGTATTATATTTTATAGCAGTACCGTGGAATTGGACTCTGAAAACTATTTGAAAGTTATGATGAAATTACATGAAATGTCCCTAAAAAGCTTGTGAT 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-59 tae-MIR1122 0.00000000000003 -45.7 ..........((((((..((((((..((((((((((((.((((.((((((((((.(((((((((.........))))..))))).)))))))))).)))).))))))))))))..))))))..))))))......... (-45.7)