mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCTCTCCGTCCTAAAAT TTTGGAACGAAGGGAGTACAA TATTCCGTCCAAAATAAATGTCACAGATTTTGTACGACTAAATTAGTACTCTCTCCGTCCTAAAATAACTGTCTAAAGCTTAATACAACTTTGTACTAGAGCTAGTACAAAGTTAAGACACTTATTTTGGAACGAAGGGAGTACAATTTGTATACTAGGTCAACGACATTTATTTTGAAATATAAGA ATTCGACGGCCGCAGTAATTCGGCACGAGGCGAGCAGGCGCACCGGAAAACCATCGACGAGAAGACGACCGCCTCCGAGTACGACGCCGCCCCGCTGCTGCCGGCAGTGCGAGGGGGCAGCCGCCGGAAACGGCTCTCCGACGCCGCTGATGGCAAGGGTAGCTTCGACGACGTCGTCTTACGAAACGCCTAAGTGACCTCAGAATATAGTTGTACACGGTACATTACTAGTATTCCGTCCAAAATAAATGTCACAGATTTTGTACGACTAAATTAGTACTCTCTCCGTCCTAAAATAACTGTCTAAAGCTTAATACAACTTTGTACTAGAGCTAGTACAAAGTTAAGACACTTATTTTGGAACGAAGGGAGTACAATTTGTATACTAGGTCAACGACATTTATTTTGAAATATAAGACAGTGCAGTTCCATAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACTCGAGGGGGGGCCCGGTACCCAATTCGCCCTATAGTGAGTCGTATTACGCGCGCTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGAACGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCCAATGGAAATTGCAAGCGTTAAATATTTTGGTAAAATTCCGCGTTAAATTTTTTGTAAATAAGCTCATTTTTTTTAACCACATAGGCCGAAATTCGGCAAAATCCCTTTATAAATCAAAAGAATTAGACCCGAGATAGGGTCA 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-27 tae-MIR1137 0.00004 -57.3 .........(((((((((((((...(((((.(((..((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((.(((((.(...........(((((((((((....)))))))))))).))))).))))))))).))).)))))))))))))))).))).)))))...))))))))))))).......... (-57.3)