mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACCAAGCATGAAGCAACAACT GTGGCGGCACCAAGCATGAAGCAACAACTGCAGTACTTGTGGGGAAAGCACAAGTAGGACACCAACATTACCTGCAAGCAAGACGCAAAATTAATAGAACATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCC ACTCGAGATACGCATGTGGCGGCACCAAGCATGAAGCAACAACTGCAGTACTTGTGGGGAAAGCACAAGTAGGACACCAACATTACCTGCAAGCAAGACGCAAAATTAATAGAACATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAGCTATCAGAAAAAACATAAAGTTGTGTTAGTTTCCCTAAACTGTAACACATGTTTTACAAATTGATCTACAAATGATTGGCTCACTGTTAATTTAAACCAATAATTACTTGATAACTGCATATGCACATGTTATGGAAGTAAAGCGGTAGAATACTTATGTTTTCATCTAC 4 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR444 1e-82 hvu-MIR444a 6e-59 -56.9 ..((.((((.(((((.(((.(((.((((((((..(((((((((.((((((((((((.((.............(((.........)))..............))....))))))).))))))))))))))..)))))))).))).))).))))).)))).)). (-56.9)