mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGGCAGCGGTTCATCGAT CGATAAACCTCTGCATCCAGC ATTAGCGTATGAATTTGTAAGGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAGTCATACACAAAGCAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTGCCTCTTTTTCGTGTTTTT GCTTTTGCCCCGGATGGATCTGTGTATTCTATGGCTCACAGTCACAACAAAGAAATAGAAAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAAAGAAACCATGGATGGATAGAATAGATGGATAGATGCGGCAATGGTGACTCACTCACCTTTGAGATTCCTGCTTCACACCACATATACACACCATACACATATTCTTCCTCTCTCTCACACACACTCACTCACTCGCTCACTTTTTCAGTTTAATCTTCTTTTCGTTTTTCGAATTACTATATATATATTGCTTTTGTTGTTACTTTGTTATTCCGTATTTTTTGCTCGACTCTGATTGGAGAGAGAAAAAAAAACGGAGTCTCTCTCTCTTGCTAGTTACTAGTCATGTTCTCCACTTCATATCACTCTGTTTAAGTGTTCTTCATTTCTGTATTTTCTATTTTTTTTCAGACTGAAAACGAATATTTTATTTATTTGAAATATATTTTGTGAATTTGAATGTGAATTAGCGTATGAATTTGTAAGGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAGTCATACACAAAGCAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTGCCTCTTTTTCGTGTTTTTCTTTCTTTAATTATTTTTTTCTGGTCCTTACGTAGCTAGATTTGCTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTCTGGATTTTTTTGTCTGCGATTGAAGAGCGAATCTTATTATGGTTATCTTCTAGCATTGAGTTAATTTGTGCAATAATCTGCGTTTCTCTTAATGGATAGTGGTTCAATTTCTCTGAAGCT 3 0 5' arm Arachis_hypogaea mirnest MIR162_2 4.0E-11 vvi-MIR162 8.0E-18 -46.1 ....(((...(((...(((((((((.((..(((((.((((.((((.(((((((..(((.((..((((..((((....))))..)))).)).)))..))))))).)))).)))).))))).)))))))))))....))).)))...... (-46.1)