mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTTGAAACGGAGGGAGTACA AGGATGCACAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAATAAGACTTTTTAGAGATTGCACTATAAACTACATACGGATATATATAGACATATTTTAGAGTGTACATTCACTCATTTTGTTCCGTATGTAGTCGCCTAGTGAAATCTCTAAAATGTCTTATATTTTGAAACGGAGGGAGTACAAGTTAATA CGGCACGAGGCCGGACCCCGTTGCTGGCGGCCTGGGCTGAGCGCTTTGCCGCGCTCGACGCCGCCAAGGAGGTCATCCCGGACGTCGACCGCATCGCCGAGTTCGCCAAGCGCGATTTGCTGCCGCTGCTCCAGAAACTGCATACAAAAACAGAGCAGTGATCGAGCCAACCATTTACTGCTAGCGCTAGCAGTAGGCCTCGAATTGGTGGCGGTGCTGCTGCTTGAAATAAGGATGCACAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAATAAGACTTTTTAGAGATTGCACTATAAACTACATACGGATATATATAGACATATTTTAGAGTGTACATTCACTCATTTTGTTCCGTATGTAGTCGCCTAGTGAAATCTCTAAAATGTCTTATATTTTGAAACGGAGGGAGTACAAGTTAATATGGGGTATCATTCTTCGGCATGTATCTTCTTCATCTGCTGATCGTGGGTTGTTATACACATGCACTTGGTACTAATTCTTCCACATGTATCTTCTTCATGTGTGACATTAC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-53 tae-MIR1122 8e-31 -67.8 ..........((((((((((((((...(((((((...((((.(((((((((((.(((((...((((((((((((.........(((.......(((((......)))))....)))))))))))))))....))))).))))))))))).)))))))))))...))))))))))))))......... (-67.8)