mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTTGGAACGGGGGAGTACA AGGATGCACAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATAAGACTTTTTAGAGATTGCACTATAAACTACATACGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTACATTCACTCATTTTGCTTTGTATGTAGTCGCCTAGTGAAATCTCTAAAATGTCTTATATTTTGGAACGGGGGAGTACAAGTTAATA AATTCGGCACGAGGCCTCGTGCCGAATTCGGACGAGGGCGCTTTGCCGCGCTCGACGCCGCCAAGGAGGTCATCCCGGACGTCGACCGCATCGCCGAGTTCGCCAAGCGCGATTTGCTGCCGCTGCTCCAGNAAACTGCATACAAAAACAGAGCAGTGATCGAGCCAACCATTTACTGCTAGCGCTAGCAGTAGGCCTCGAATTGGTGGCGGTGCTGCTGCTTGAAATAAGGATGCACAGTACTCCCTCCGTTCCTAAATAAGACTTTTTAGAGATTGCACTATAAACTACATACGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTACATTCACTCATTTTGCTTTGTATGTAGTCGCCTAGTGAAATCTCTAAAATGTCTTATATTTTGGAACGGGGGAGTACAAGTTAATATGGGGTATCATTCTTCGGCNNAAAAAAAAAAAAAAAANTAAAA 1 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-50 tae-MIR1122 1e-35 -64.3 ..........((((((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((((.(((..((((.....))))(((((......)))))....)))))))))))))))....))))).))))))))))).))))..))))).)))))))))))))))......... (-64.3)