mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATT TTTAGGAACGGAGAAAGTAGA AACATCTGGACTACTCCCTCCGTTCCTAAATTTCCTAACATATAGGTCTTTTTATATATTCCAACAAGGGACTACCTAAATTTCCTAAATATAGGTCTTTTTACATATTCCAACAAGGGACTACATGCGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCATCCATTCTGTTCTGTATGTAGTCCCTTTGGAGTCTCTAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGAAAGTAGATCACTAGA ATAGAACTAGTCTGGAGTTTTTTTTATTATTTTTTTAGGGTAAAAACATTTCTCTTTTGCCTGAACTTGCCTTTTCAAGCTTACCAAGTTCAATCAACACACTAAGGTGTTACTGGTCGTTCGCGCATGCAAAAAACTGAACATCTGGACTACTCCCTCCGTTCCTAAATTTCCTAACATATAGGTCTTTTTATATATTCCAACAAGGGACTACCTAAATTTCCTAAATATAGGTCTTTTTACATATTCCAACAAGGGACTACATGCGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCATCCATTCTGTTCTGTATGTAGTCCCTTTGGAGTCTCTAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGAAAGTAGATCACTAGAATAAGTGCAGCAAACAATCAATTAACTTTGTACAGTGTGTGATGACATAATTCTAGAGTGAAACTAGCAAACGCCCATAAGAATGGCCCTTAAGCAAACACATTCAAAAGAGGAGGGAGGATTCTCAATCACATCAGGGCAGTGGACTAGCAATTATTGGGGGTGACCAGCCTCTGGCCCATGGTTCCCGGGAGCCGGAAAATGCAGGGTANCCGCGGAACCTTCCATGGGTTTAAAGTGAAGGCTCCCCCTAACCTTGTTTGACAACACCGACCTTTGGGGGGCAATATATTCGCATGTTCTGGATATTTGCTCTT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-18 tae-MIR1122 9e-16 -72.5 ....(((((.(((((..((((((((((((((........((.((((....((((..((.(((......))).))..))))...)))).))(((((((((((.....(((((((..(((((((((((((((((((......))).....(((((((..........))))))).)))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))..)))))....))))) (-72.5)