mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTCCCGCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGAGTAGTAG GGCCACAACGATGTACTCCCGCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAAATATTTCACTAAGAGTCTACATACGAAGTAAAATGAGTGAACCTACACTCTAAAAAATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCTACTAATGAAATCTCTTTAAAGACTTGTATTTAGGAACGGAGGGAGTAGTAGGTACCTAT CTATATTAACAAAACAAATGTACCCACAGATACAAATTGGACCCTAAACAAAGGGGAGATTACAACAGTGAGACATGAACGGTAACATGGCCACAACGATGTACTCCCGCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAAATATTTCACTAAGAGTCTACATACGAAGTAAAATGAGTGAACCTACACTCTAAAAAATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCTACTAATGAAATCTCTTTAAAGACTTGTATTTAGGAACGGAGGGAGTAGTAGGTACCTATGTAGTACTCCTACTAAATTAAAAAAAAAAGGTATGTAGGAGTACTACTCTGCTAGCTCTCTTCATCCCTTGGCTGCACACTGACGCCATGGCCGGCGGTACAGGAATTCTTCGCCGCGGTGGACTGCGGCGATGTGCGGCAGAGCGGGCAGCTGGGCCGCTGGCGCAGCCACTCGTCGACGCACTGTCGGTGGAACGCGTGCCGGCACCCCGGCAGCCGCCGGAGCTCGTCGCCGTCCGCGTACTCCGCTAGGCACACCACGCACGTCGTGTCGTCCAGCGCTGGATCGCTGTCGCCGGTCGAAGGCGCGGCGGCAGGCTGAAGAACATCGTCGTCGTCTGCACGTGCCGGCGAGGAGTATAGCATCGTCGGGTACGCGGTCAGGACGGCCTCGTCGATCCCCGCGGTGGCGCACCGGCAGCCGAGCTCGACGTCGCCTCGTGC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-41 tae-MIR1122 5e-26 -59.9 .(((...((....(((((((.((((((((((((((((((((((......((((((.((..((.((((((((((.(((....(((((......)))))...............))).).))))))))).))..)).))))))......)))))))))))))))))))))).))))))))).)))...... (-59.9)