mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACGGAGGGAGTATG TAGCTTCCCTCCGTCCCAAAATT TTCTGCATTTTCCTTCCATGAGTATATGTTCATAGCTTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAAGTTTGTCCAAAAATAGATGTATCTAAATACTAAAACGTGACTAGATACATTCATATCTAGACAAATCTAAGACAAGAATTTTTGGGACGGAGGGAGTATGTATCAAATGTTCTTTGGGGCAATAACAGA CAGCGGAGAAGAATCCCGNTCGGGAAATCAATCCATCGGAGGAGCTTCACGATGGCGGGGGAGGGGAGGCCGGACGCGCAGCTCTTCCAGCTCCTTACCGACCTTCTCCAGGAGGTGGAGTCAATGAGCAACCAGGAAGAGGTAGAATTGAGAGCAAAGATTGAAGCGCTGGGCCTAGAAATCACCAAGGTTCCAGAGCAGGCACCTAAGCAACTTGATGAGTTAGAGATAGCCGCAGAGCTGGACAGGTTGTCGGCAAGGCTCGATAATGTCGACAAGATGATATCATCTGCCATTACATCTGACCCAGAGGTGAAATCGCTTCTGAGCAGCACCTCCGATGTCTGGATGCCCGTCATCACCGCGTCCGCCAATGAAAGGCGGGGGTTCACGGGAACAAGCGGCGACAAGGAAGAGCAAGAGAAATCTAAGTAAATAGCTGGGACTGAAGCCCTTGTACTCCTTTGTGCCTGCGTTGTTCTGCATTTTCCTTCCATGAGTATATGTTCATAGCTTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAAGTTTGTCCAAAAATAGATGTATCTAAATACTAAAACGTGACTAGATACATTCATATCTAGACAAATCTAAGACAAGAATTTTTGGGACGGAGGGAGTATGTATCAAATGTTCTTTGGGGCAATAACAGAAAATAAAATCCCTTGGGGGTAATGGTACTGGCTATTCTAATTCGCGCTATGGTCGAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGGGGGGGGCCCCGGTCCCCAN 0 2 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-49 tae-MIR1122 8e-25 -72 .((((.(((.((((.....((((((.((..((((..((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.....((.((((((((((..(((......)))..)))))))))).)).....))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))...)).))))))...)))).)))..)))) (-72)