mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAATA TTTTGGAACGGATGGAGTAGA AAAGGCAATGCGGTAATAGACGGTATGATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGAGTCGTTGAGTTAGTATAAAATTTGTACTAATTTAGTACAAAATCTGCAACATTTATTTTGGAACGGATGGAGTAGAACATAAAGTTTATATTGCAACTAAAGT CGGCACGAGGGTTTGGATACATTTTTTAAGGCCACTCCGAAGCTAGGATGAGGTTTACTCTAGGGCTACTCCTAACCTTGGCCATTTTAGTATTACCGTCAGATGCACACCCGACAACACTTTGTAGGGTGTACTATGTCGGGAGTCCAAGTGTGTGTTCAACGAGCACCTGCGAGGGCGATTGCCTCCAAAAGGCTAACCGTGACTGTGGTCCAAACATCGAGTGTACTAGGGCTGCAATTTGTATTGGAGTGAGATGCGCTTGCAGGTTGTGCAGACATGTAAATCATATCCCTCTTTGATGCTCCAAGAATGGAAGTTGCAGCGTTAACTAGCTAAGTTAAAATTAGTGGGATGCAGAAAAGAAATAAAGGCAATGCGGTAATAGACGGTATGATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGAGTCGTTGAGTTAGTATAAAATTTGTACTAATTTAGTACAAAATCTGCAACATTTATTTTGGAACGGATGGAGTAGAACATAAAGTTTATATTGCAACTAAAGTCATGTGCATTTGCAAAGGGATCAATATAC 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-18 far-MIR437 0.00003 -45.7 ........(((((((.(((((..((((...((((((.(((((.((((((((((.((.((.((.((.((((.(((((......))))).)))).)).)).)).)).)))))))))).))))).))))))...))))..))))))))))))........ (-45.7)