mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTACCTAAATA TTTTGAGACCGAGGGAGTACA CTTACTCAACAAAATAAAGCATACTCCCTCCGTACCTAAATAAAAGTCTTTTAAGATATTTCACTAGGTGTCTACATACGGAGTAAAAAATAAGTGAATCTATACTTTAAAATATGTCTATATACATCTATATGTAGTCCATTAGTGAAACCTCTACAAAGACTTATATTTTGAGACCGAGGGAGTACATGTTTTCTCATTTCACAT AGACGCATAGTATGCACACACATGCATATGTAGACAAATCTGAGATGGAGTATTACACTATTTTTATTTATAACTTACTCAACAAAATAAAGCATACTCCCTCCGTACCTAAATAAAAGTCTTTTAAGATATTTCACTAGGTGTCTACATACGGAGTAAAAAATAAGTGAATCTATACTTTAAAATATGTCTATATACATCTATATGTAGTCCATTAGTGAAACCTCTACAAAGACTTATATTTTGAGACCGAGGGAGTACATGTTTTCTCATTTCACATAATAATGAAAAGTTTAGGCACTCTTCACGGTGATCCGCCTGCAACCGAACAGCCAGGAATGCTTCAGCGCAAAGCTCAGCCTTAAATTGTCCGGCCCAAGTACAGCAACGACCACGCTTTATTTTCAATTCAATAAAGCATCCTTTACGATTTCGCATAATCAGAATAGGTCCCAAACATATTGGGGCGAGGAGTAGCAGACATGTATGCATCAACCATCTCATCGGACACTTGAGCTCTAGCATTTTGATGTGCTAATGCAATCTT 5 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 7e-38 tae-MIR1122 0.00000000004 -50 ...............(((((((((((((((.((....(((((.((((((((..(((..(((((((((....(((((((.((((((......(((((......)))))...............))).))).)))))))....)))))))))..)))..)))))))).)))))....)).)))))))))..))))))............ (-50)