mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTCTTTACAAAGGGAGTA TTCCTTCCGTGAAGAAATATA ATCTTACAATGGTTCTAGTTTTGGACATATGGTTTGCAGATATTCCTTCCGTGAAGAAATATAAGAGCATTTAGATCATGATCTAAATTACTGATCCAAACGCTTTTGTATTTCTTTACAAAGGGAGTACAAGTTACAGACAACACGAGACGAGAGCAAAAATACCAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCTTACAATGGTTCTAGTTTTGGACATATGGTTTGCAGATATTCCTTCCGTGAAGAAATATAAGAGCATTTAGATCATGATCTAAATTACTGATCCAAACGCTTTTGTATTTCTTTACAAAGGGAGTACAAGTTACAGACAACACGAGACGAGAGCAAAAATACCATCAGCTCCATACAACTATAGCTCTCCTTTCTTGTTCTTTCCTAACTAACAATCCTTACATACGGTTGAGATAAGACTATTGGACATACCCTAAGTTAGGCAGCTTCTCAATATTTTCCTTCTAAATTGCACCATGCTGGTGTAGTGGACACAAAAATAAATGAATTTCTATTAGTACAAAAGTGCCAGGCAGCTTTGGAATAACATGCTTGTTACTCAAGACTGAAGACATGCCCCTTGGTAGCTGGTACTTGGGCATGTACATGTAACTGCAATAACCAGTAGACTGACACTCCGTTGCACCCTTCCTCCTGAAGCCAAACTTCAGCGGCTCGGCATCAACGAACAGCCACCACCCCACCTCTTGTTCGAAAATAAAGTCAAAGTTGGGACCATAGCATTTGACGCAGCAGCTCCTGTTTAAGAGCTCCACTGTTCTGCTACACCCTGCTACTCTGAAGATACTCCCTATTT 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.0000006 tae-MIR1121 0.000008 -47 ...........(((((.((((((........(((((.((.((((((((..((((((((((((((((((.(((.(((((((((....)))).))))).))).))))))))))))))))))..))))))))....)).)))))....)))))).)))))........... (-47)