mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTACTCCCTCCGTCCGAAA CTAGACGGAGGGATTACATT TTGAGATTGGTTGATTGTTGTTACTCCCTCCGTCCGAAATTACTTGTCCGGGAGATGGATGTATCTAGGTGTATTTTAGTTCTAGATAAATTCATTTATATTCAATTTTTGAGGCAAGTAATTCTAGACGGAGGGATTACATTATGGTTATAAGGTGG GAACACATAAAGTGTATTATGGTCTTAACAATCAGATTGTGAAAAACTGAAGATCTATATCAAAACAAATACAGAATACATCCAAGTGGCAACTGAACTTTGAAATTGTAGATGTCTTGTAAAAAGTGTACTCCATCATGCACTACTCTGTATATTTGTGCAAGTCTGGTTGGCTGTTTTTTTGTTAAATTCCATCGTGCTACTCCCTCTCTCTATATATATATGAATATATCTTATCGAAAGCCCTTTGTGCACTGGAGTTCACCTAGGCCCATTTGCCAATCAATTGGTATGGGTCTCATTAGCTTTGAGATTGGTTGATTGTTGTTACTCCCTCCGTCCGAAATTACTTGTCCGGGAGATGGATGTATCTAGGTGTATTTTAGTTCTAGATAAATTCATTTATATTCAATTTTTGAGGCAAGTAATTCTAGACGGAGGGATTACATTATGGTTATAAGGTGGATGATGGTTCAAAAGAGTGTAAAATCGATTCACACTATGCTTTAATCATATTGATTTTGTATTATCTGCATCATGTTTTCCTGCTTATTACTCTGTATATTGTTACTTATGGCAACAAGCGTTGATGCATTATGCATAATTAAATGATCATATGA 5 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-17 tae-MIR1135 0.0000000001 -44.5 .....(((...((((((((((...((((((((((...(((((((((((((((((((((((.((((((((..((...))..)))))))).)))))))..........))))).)))))))))))...))))))))))..)))..)))))))...))).. (-44.5)