mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTTACTCCCTCCGTTCTA GGACCGAGGGAATATATAACA AGTCTTAAGATGCGTACTTGATATAATGTAGGTATTTACTCCCTCCGTTCTAAAATAAGTGTCTCAAGCTTGATACAATTTTATACTAGAGATAGCACAAAGTTGAGACAATTATATTTTAGGACCGAGGGAATATATAACACAAAACAAGAATGTAAAGTATGTATTGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGAAAGTGACATATCTTGCAGGTAGAAATCATATTACATAAGGTAGCTGGAAAAAGAATGTCTTCCTTTTATCACCTGCCTTAATCAAGTCTTAAGATGCGTACTTGATATAATGTAGGTATTTACTCCCTCCGTTCTAAAATAAGTGTCTCAAGCTTGATACAATTTTATACTAGAGATAGCACAAAGTTGAGACAATTATATTTTAGGACCGAGGGAATATATAACACAAAACAAGAATGTAAAGTATGTATTGTTTATGAGGCACAATTTCTTCATCAACATCGATCCTCGAGCAAGTGGTAACTGGCACCGCCGGCAGATGTACTACCTTCTCAGGCCCTCGCAAATGTAGGTGGCATAGAGATCCATGGAGTGCTGGATGGCCTCGTATGCGTCCTCCGACGGCAGGAAGTCGTTGACGGCCACCTCCTTGTTCTCGTTCTTCTTGTAGTCCTCGAAGAAGCGTCTGATCTCTGCGAGGCGGTGGGGCGGGAGCTCCTTGATGTCGTTGAAGTGGCGGTACTCGGGGTCGTCGGCGCAGACGGCGATGATCTTGTCGTCGGCCTCGCCCTGGTCAATCATGGGCATGAGCCCGATGGCCTTTGCCCTGAGGAAGCACCCCCTCGTGC 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-16 far-MIR1122 0.000009 -44.6 ........(((((((((((.((((..(((...(((.((.((((((.(((((((((((..((((((((.(((......(((((......)))))......)))))))))))....))))))))))).)))))).)).))).......)))...)))).))))))))))).. (-44.6)